《企业所得税法》及《企业所得税法实施条例》规定，企业从事《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展和改革委员会等部门公布的规定项目的研究开发活动，其在一个纳税年度中实际发生的研究开发费用支出，允许在计算应纳税所得额时按照规定实行加计扣除。为确保企业能够有效享受税收优惠政策，企业在进行财务处理时应准确把握研发费用在会计核算和税法要求上的异同，用足用好税收优惠政策。
核算依据不同。企业研发费用会计核算主要依据《财政部关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》（财企〔2007〕194号）。所得税汇算清缴，研发费用的主要依据是《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（国税发〔2008〕116号）。
人工费用范围不同。企业会计处理时可列入“研发费用”科目的人工费用主要包括：企业在职研发人员的工资、奖金、津贴、补贴、社会保险费、住房公积金等人工费用以及外聘研发人员的劳务费用。所得税汇算清缴时企业可加计扣除的研发费用中的人工费用包括：在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴。所得税汇算清缴对研发费用加计扣除的规定范围比会计处理的范围小。
直接投入费用内容基本一致。财务核算中研发费用涉及的直接投入费用主要包括直接消耗的材料、燃料、动力费用。所得税汇算清缴中研发费用涉及的直接投入费用包括从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。二者的内容基本一致。
其他直接费用范围不同。财务核算中，企业研发费用涉及的其他直接费用主要包括：与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费、会议费、差旅费、办公费、外事费、研发人员培训费、培养费、专家咨询费、高新科技研发保险费用等。所得税汇算清缴中，可以加计扣除的研究开发费用不包括会议费、差旅费、办公费、外事费、研发人员培训费、培养费、专家咨询费、高新科技研发保险费用等。所得税汇算清缴对研发费用加计扣除的规定范围比会计处理的范围小。
固定资产折旧扣除不同。在财务核算中，研发费用的扣除范围不仅包括机器设备的折旧费，还包括房屋的折旧费。所得税汇算清缴时涉及研发费用的加计扣除时只包含机器设备的折旧费。所得税汇算清缴对研发费用加计扣除的规定范围比会计处理的范围小。
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